Tento systém je vytvořen na základě chemického složení a krystalové struktury minerálů, tedy na základě krystalochemickém. Obecně přijímaný a nejpropracovanější je systém H. Strunzeho, jehož poslední vydání vyšlo v roce 2001. Tohoto systému se drží (s úpravami) i v ČR velmi rozšířená příručka J. H. Bernarda a kol.: Encyklopedický přehled minerálů z roku 1992. Minerály jsou zde členěny do 10 tříd ( u Strunzeho do 9 tříd), které se dále dělí na oddělení, skupiny a řady. Výše zmíněná klasifikace je použita i v našem virtuálním muzeu.